NovaSeq6000
解析概要
イルミナ次世代シーケンサー（NovaSeq6000）を用いたシーケンス解析のサービスです。
調製済みライブラリーを受け取り、シーケンス解析を実施し、生データまたはfastqシーケンスデータを納品するというサービスです。
原則としてキット買い切り（NovaSeq S4 300 cycleのみレーン単位のシーケンスも対応）です。
| サービス名 | クラスター数 | サイクル数 | 総データ量 |
|---|---|---|---|
| SP Reagent Kit v1.5 (100 Cycles) | 6億5千万～8億 | 100 | 65～80 Gb |
| SP Reagent Kit v1.5 (200 Cycles) | 6億5千万～8億 | 200 | 134～167 Gb |
| SP Reagent Kit v1.5 (300 Cycles) | 6億5千万～8億 | 300 | 200～250 Gb |
| SP Reagent Kit v1.5 (500 Cycles) | 6億5千万～8億 | 500 | 325～400 Gb |
| S1 Reagent Kit v1.5 (100 Cycles) | 13億～16億 | 100 | 134～167 Gb |
| S1 Reagent Kit v1.5 (200 Cycles) | 13億～16億 | 200 | 266～333 Gb |
| S1 Reagent Kit v1.5 (300 Cycles) | 13億～16億 | 300 | 400～500 Gb |
| S2 Reagent Kit v1.5 (100 Cycles) | 33億～41億 | 100 | 333～417 Gb |
| S2 Reagent Kit v1.5 (200 Cycles) | 33億～41億 | 200 | 667～833 Gb |
| S2 Reagent Kit v1.5 (300 Cycles) | 33億～41億 | 300 | 1000～1250 Gb |
| S4 Reagent Kit v1.5 (35 Cycles) | 80億～100億 | 35 | 280～350 Gb |
| S4 Reagent Kit v1.5 (200 Cycles) | 80億～100億 | 200 | 1600～2000 Gb |
| S4 Reagent Kit v1.5 (300 Cycles) | 80億～100億 | 300 | 2400～3000 Gb |
| S4 Reagent Kit v1.5 (300 Cycles) 1lane | 20億～25億 | 300 | 600～750 Gb |
提出サンプル要件
調製済みイルミナシーケンスライブラリー
- すべてのサンプルをプールし、以下のいずれかの濃度、量で1.5 mlチューブに入れてご提出ください。
- 1.5 mlチューブには名前とredmine（SignAC依頼システム）で発行されるチケット番号を記入してください。
NovaSeq 提出サンプル濃度
NovaSeq6000 NGSサンプル濃度 Standard workflow
| ライブラリータイプ | インストール濃度 (pM) | 提出サンプル濃度 (nM) |
|---|---|---|
| PhiX | 250 | 1.25 |
| Illumina DNA PCR-free library pool | 400–600 | 2-3 |
| TruSeq DNA PCR-free library pool | 175–350 | 0.875-1.75 |
| DNA PCR-amplified library pool | 300–600 | 1.5–3.0 |
| Single Cell | 250–500 | 1.25–2.5 |
NovaSeq6000 NGSサンプル濃度 XP workflow(S4 レーンシーケンスの時のみ）
| ライブラリーのタイプ | インストール濃度(pM) | 提出サンプル濃度 (nM) |
|---|---|---|
| PhiX | 100 | 0.5 |
| Illumina DNA PCR-free library pool | 300–400 | 1.5–2.0 |
| TruSeq DNA PCR-free library pool | 115–235 | 0.575–1.175 |
| DNA PCR-amplified library pool | 200–400 | 1.0–2.0 |
| Single Cell | 175–275 | 0.875–1.375 |
NovaSeq 必要サンプル量
| フローセルタイプ | 提出サンプル量 |
|---|---|
| SP/S1 | 250 µl以上 |
| S2 | 450 µl以上 |
| S4 | 700 µl以上 |
| S4レーンシーケンス | 70 µl以上 |
納品物
シーケンスランデータ（通常fastqファイルとしますが、生データでも可）
- 京都大学内：サーバーからのダウンロードリンクをご案内します。
- 京都大学外：外付けHDDまたはフラッシュメモリーにコピーしてお渡しします。
- fastqファイルでの納品をご希望される方はインデック情報の記載されたサンプルシートの提出をお願いします。
Sample Sheetの作成方法はイルミナのウェブサイトをご参照ください。
- Illumina Experiment Manager
- 以下のリンクからサンプルシート（見本）をダウンロードできますので、ご自由にご使用ください。
dual indexの場合はサンプルシートに記入するindex 2の向きにご注意ください。
納期
お問い合わせください。
参考
キットの在庫がある場合は1～2週間程度、ない場合は3～4週間程度（2022年度実績、S4レーンシーケンスの場合を除く）。通常、SP 100 cycles、S1 100 cycles、S4 300 cyclesは在庫をストックしています。