NextSeq550
解析概要
イルミナ次世代シーケンサー（NextSeq550）を用いたシーケンス解析のサービスです。
調製済みライブラリーを受け取り、シーケンス解析を実施し、生データまたはfastqシーケンスデータを納品するというサービスです。
原則としてキット買い切りです。
| サービス名 | クラスター数 | サイクル数 | 総データ量 |
|---|---|---|---|
| Mid Output Kit v2.5 (150 Cycles) | Up to130M | 150 | 16.25–19.5 Gb |
| Mid Output Kit v2.5 (300 Cycles) | Up to130M | 300 | 32.5–39 Gb |
| High Output Kit v2.5 (75 Cycles) | Up to130M | 75 | 25–30 Gb |
| High Output Kit v2.5 (150 Cycles) | Up to 400M | 150 | 50–60 Gb |
| High Output Kit v2.5 (300 Cycles) | Up to 400M | 300 | 100–120 Gb |
提出サンプル要件
調製済みイルミナシーケンスライブラリー
- すべてのサンプルをプールし、いずれかの濃度に希釈して提出してください。
| 4 nM | 15 µl以上 |
|---|---|
| 2 nM | 30 µl以上 |
| 1 nM | 60 µl以上 |
| 0.5 nM | 120 µl以上 |
- ローディング濃度をご指定ください。
NextSeq550のローディング濃度は1.5-1.8 pMを目安とすることが多いです。 - 1.5 mlチューブには名前とredmine（SignAC依頼システム）で発行されるチケット番号を記入してください。
納品物
シーケンスランデータ（通常fastqファイルとしますが、生データでも可）
- 京都大学内：サーバーからのダウンロードリンクをご案内します。
- 京都大学外：外付けHDDまたはフラッシュメモリーにコピーしてお渡しします。
- fastqファイルでの納品をご希望される方はインデック情報の記載されたサンプルシートの提出をお願いします。
Sample Sheetの作成方法はイルミナのウェブサイトをご参照ください。
- Illumina Experiment Manager
- 以下のリンクからサンプルシート（見本）をダウンロードできますので、ご自由にご使用ください。
dual indexの場合はサンプルシートに記入するindex 2の向きにご注意ください。
納期
お問い合わせください。
参考
キットの在庫がある場合は1～2週間程度、ない場合は3～4週間程度（2022年度実績）通常、Mid 150 cycles、High 75 cyclesは在庫をストックしています。