辻村 太郎

辻村 太郎

コアマネジャー (SignAC)

Position
特定講師
Research Field
ゲノム解析、遺伝子発現制御

研究概要

単一細胞レベルでの3Dエピゲノムの解析

私は、ゲノム上の機能領域の位置関係の再編成が、進化やヒトの疾患にどのようにつながるのかに興味を持っています。その理解に向けて、ゲノム領域間の相互作用の全容を解明することを私自身の研究テーマとしています。直近の研究では、遺伝子とエンハンサーとの相互作用を薬剤により制御するSTITCHというシステムを開発しました(辻村ら2020年eLife)。このユニークなシステムを駆使することで、長距離エンハンサーによる遺伝子活性化のプロセスと、それがゲノム上でどのように制御されているかのメカニズムについて、さらに解明していきたいと考えています。

個々の細胞のエピゲノムやトランスクリプトームの状態を解析する技術の革新が進み、それに伴いエピゲノミクス研究の発展もますます加速しています。私自身も、単一細胞エピゲノム解析のための新しい解析ツールの開発に取り組んでいます。ASHBiでは各々の解析システムを生かした独創的な共同研究が積極的に営まれています。こうした環境を最大限に活用して、最先端の解析技術を、自分自身の研究だけでなく他の研究にも応用し、ヒト生物学の分野での新しい概念の確立に貢献していきたいと考えています。

辻村博士 図1

図1.STITCHシステムによるエンハンサーの人為的制御

略歴

2008年東京大学新領域創生科学研究科博士課程修了。2009年-2014年 EMBL Heidelberg(ドイツ)においてポスドク研究員。2014年-2017年東京大学医学部附属病院特任助教、2017年-2019年慶應義塾大学医学部特任助教を経て2019年12月より京都大学高等研究院ASHBi特定講師。

論文

Tsujimura T, Takase O, Yoshikawa M, Sano E, Hayashi M, Hoshi K, Takato T, Toyoda A, Okano H, Hishikawa K. Controlling gene activation by enhancers through a drug-inducible topological insulator. Elife. 2020 May 5;9:e47980. doi: 10.7554/eLife.47980. PMID: 32369019; PMCID: PMC7200164.

Tsujimura T, Takase O, Yoshikawa M, Sano E, Hayashi M, Takato T, Toyoda A, Okano H, Hishikawa K. Control of directionality of chromatin folding for the inter- and intra-domain contacts at the Tfap2c-Bmp7 locus. Epigenetics Chromatin. 2018 Sep 14;11(1):51. doi: 10.1186/s13072-018-0221-1. PMID: 30213272; PMCID: PMC6137755.

Tsujimura T, Idei M, Yoshikawa M, Takase O, Hishikawa K. Roles and regulation of bone morphogenetic protein-7 in kidney development and diseases. World J Stem Cells. 2016 Sep 26;8(9):288-96. doi: 10.4252/wjsc.v8.i9.288. PMID: 27679685; PMCID: PMC5031890.

Tsujimura T, Masuda R, Ashino R, Kawamura S. Spatially differentiated expression of quadruplicated green-sensitive RH2 opsin genes in zebrafish is determined by proximal regulatory regions and gene order to the locus control region. BMC Genet. 2015 Nov 4;16:130. doi: 10.1186/s12863-015-0288-7. PMID: 26537431; PMCID: PMC4634787.

Tsujimura T, Klein FA, Langenfeld K, Glaser J, Huber W, Spitz F. A discrete transition zone organizes the topological and regulatory autonomy of the adjacent tfap2c and bmp7 genes. PLoS Genet. 2015 Jan 8;11(1):e1004897. doi: 10.1371/journal.pgen.1004897. PMID: 25569170; PMCID: PMC4288730.

Symmons O, Uslu VV, Tsujimura T, Ruf S, Nassari S, Schwarzer W, Ettwiller L, Spitz F. Functional and topological characteristics of mammalian regulatory domains. Genome Res. 2014 Mar;24(3):390-400. doi: 10.1101/gr.163519.113. Epub 2014 Jan 7. PMID: 24398455; PMCID: PMC3941104.

Li YN, Tsujimura T, Kawamura S, Dowling JE. Bipolar cell-photoreceptor connectivity in the zebrafish (Danio rerio) retina. J Comp Neurol. 2012 Nov 1;520(16):3786-802. doi: 10.1002/cne.23168. PMID: 22907678; PMCID: PMC3669674.

Tsujimura T, Hosoya T, Kawamura S. A single enhancer regulating the differential expression of duplicated red-sensitive opsin genes in zebrafish. PLoS Genet. 2010 Dec 16;6(12):e1001245. doi: 10.1371/journal.pgen.1001245. PMID: 21187910; PMCID: PMC3002997.

Fukamachi S, Kinoshita M, Tsujimura T, Shimada A, Oda S, Shima A, Meyer A, Kawamura S, Mitani H. Rescue from oculocutaneous albinism type 4 using medaka slc45a2 cDNA driven by its own promoter. Genetics. 2008 Feb;178(2):761-9. doi: 10.1534/genetics.107.073387. Epub 2008 Feb 1. PMID: 18245373; PMCID: PMC2248340.

Tsujimura T, Chinen A, Kawamura S. Identification of a locus control region for quadruplicated green-sensitive opsin genes in zebrafish. Proc Natl Acad Sci U S A. 2007 Jul 31;104(31):12813-8. doi: 10.1073/pnas.0704061104. Epub 2007 Jul 23. PMID: 17646658; PMCID: PMC1937549.

受賞歴

2008年3月 2007年度東京大学 大学院新領域創成科学研究科 先端生命科学専攻 博士論文特別奨励賞受賞
2008年3月 2007年度東京大学 大学院新領域創成科学研究科長賞(博士)受賞
2008年6月 Final candidate for Walter M. Fitch Student Award, Annual Meeting of the Society of Molecular Biology and Evolution 2008
2010年7月 Postdoctoral Researcher Travel Award, Annual meeting of the Society of Molecular Biology and Evolution, 2010

研究グループ

単一細胞ゲノム情報解析コア (SignAC)
Contact T.Tsujimura

    このサイトはreCAPTCHAによって保護されており、Googleのプライバシーポリシー利用規約が適用されます。

    Submit