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研究業績 Publication

査読付き論文誌プレプリント著書産業財産権研究プロジェクト賞与講演

査読付き論文誌peer-reviewed journal

  1. Topological Node2vec: Enhanced Graph Embedding via Persistent Homology. [journal]
    Y. Hiraoka, Y. Imoto, K. Meehan*, T. Lacombe, T. Yachimura.
    Journal of Machine Learning Research, Vol. 25, 134, pp.1–26 May, 2024.
  2. V-Mapper: topological data analysis for high-dimensional data with velocity. [journal(オープンアクセス)]
    Y. Imoto*, Y. Hiraoka.
    Nonlinear Theory and Its Applications (NOLTA), Vol. E14-N (2), pp. 92-105, April 1, 2023.
  3. Resolution of the curse of dimensionality in single-cell RNA sequencing data analysis. [preprint/journal]
    Y Imoto, T Nakamura, E G Escolar, M Yoshiwaki, Y Kojima, Y Yabuta, Y Katou, T Yamamoto, Y Hiraoka*, M Saitou*.
    Life Science Alliance, Vol. 5 (12), e202201591, August 9, 2022.
  4. Nucleome programming for the foundation of totipotency in mammalian germline development. [journal]
    M Nagano, B Hu, S Yokobayashi, A Yamamura, F Umemura, M Coradin, H Ohta, Y Yabuta, Y Ishikura, I Okamoto, H Ikeda, N Kawahira, Y Nosaka, S Shimizu, Y Kojima, K Mizuta, T Kasahara, Y Imoto, K Meehan, R Stocsits, G Wutz, Y Hiraoka, Y Murakawa, T Yamamoto, K Tachibana, J-M Peters, L A Mirny, B A Garcia, J Majewski, M Saitou*.
    The EMBO Journal, e110600, 15 June 2022.
  5. Difference between smoothed particle hydrodynamics and moving particle semi-implicit operators. [journal(オープンアクセス)]
    Y Imoto*.
    Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering, Vol. 395, 115012, May 15, 2022.
  6. Hyper-dual number-based numerical differentiation of eigensystems. [journal/論文紹介]
    M Fujikawa*, M Tanaka, N Mitsume, Y Imoto*.
    Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering, Vol. 390, 114452, February 15, 2022.
  7. 底面境界適合型MPS法の開発．[journal]
    松本久也，井元佑介，浅井光輝，三目直登*．
    日本計算工学会論文集，Vol. 2021，pp. 20210017，2021年10月29日．
  8. 物理速度と輸送速度を区別した選択型デュアル流速 ISPH 法を用いた混相流解析．[journal]
    藤井孟大，浅井光輝*，井元佑介*．
    土木学会論文集A2(応用力学)，76巻2号，pp. 247-257，2021年2月1日．
  9. Fundamental theorem of matrix representations of hyper-dual numbers for computing higher-order derivatives. [journal/論文紹介]
    Y Imoto*, N Yamanaka, T Uramoto, M Tanaka, M Fujikawa, N Mitsume.
    JSIAM Letters, Vol. 12, pp. 29–32, June 1, 2020.
  10. 安定化ISPH法の理論的解釈II ー 誤差評価に基づく安定化係数の最適化 ー．[journal]
    井元佑介*，浅井光輝，藤井孟大．
    土木学会論文集A2(応用力学)，75巻2号，pp. 187–194，2020年2月6日．
  11. Truncation error estimates of approximate operators in a generalized particle method. [journal/preprint]
    Y Imoto*.
    Japan Journal of Industrial and Applied Mathematics, Vol. 37, pp. 565-598, February 3, 2020.
  12. Hyper-dual numbersを用いたOgden型超弾性モデルの定式化とその性能評価．[journal]
    藤川正毅*，田中真人，井元佑介，三目直登，浦本武雄，山中脩也．
    日本機械学会論文集，86巻881号，pp. 19-00256 (19 pages)，2020年1月25日．
  13. Convergence study and optimal weight functions of an explicit particle method for the incompressible Navier–Stokes equations. [journal/preprint/論文紹介]
    Y Imoto, S Tsuzuki, D Nishiura.
    Computational Particle Mechanics, Vol. 6 (4), pp. 671–694, September 18, 2019.
  14. Improvements in highly viscous fluid simulation using a fully implicit SPH method. [journal/論文紹介]
    D Morikawa*, M Asai, N Idris, Y Imoto, M Isshiki.
    Computational Particle Mechanics, Vol. 6 (4), pp. 529–544, September 18, 2019.
  15. Unique solvability and stability analysis for incompressible smoothed particle hydrodynamics method. [journal/preprint/論文紹介]
    Y Imoto*.
    Computational Particle Mechanics, Vol. 6 (2), pp. 297–309, March 26, 2019.
  16. Unique solvability and stability of a generalized particle method for a Poisson equation in discrete Sobolev norms. [journal/preprint/論文紹介]
    Y Imoto*.
    Applications of Mathematics, Vol. 64 (1), pp. 33–43, February 14, 2019.
  17. 安定化ISPH法の理論的解釈 ー エネルギー最小化問題からの安定化項の導出 ー．[journal/論文紹介]
    井元佑介*，浅井光輝．
    土木学会論文集A2(応用力学)，74巻2号，pp. 159–166，2019年1月31日．
  18. Truncation error estimates of approximate differential operators of a particle method based on the Voronoi decomposition. [journal/論文紹介]
    Y Imoto*, D Tagami.
    JSIAM Letters, Vol. 9, pp. 69–72, October 19, 2017 (日本応用数理学会 論文賞).
  19. A truncation error estimate of the interpolant of a particle method based on the Voronoi decomposition. [journal/論文紹介]
    Y Imoto*, D Tagami.
    JSIAM Letters, Vol. 8, pp. 29–32, May 21, 2016.
  20. 安定化ISPH 法による拡張ダルシー則とナビエ・ストークス方程式の統一解法．[journal/論文紹介]
    森本敏弘，浅井光輝*，笠間清伸，藤澤和謙，井元佑介．
    土木学会論文集 A2 (応用力学)，70巻2号，pp. 213–221，2015年2月20日．

*は責任著者
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プレプリントpreprint

  1. Curse of Dimensionality on Persistence Diagrams [ link ]
    Yasuaki Hiraoka, Yusuke Imoto, Shu Kanazawa, Enhao Liu*.
    arXiv:2404.18194, submitted April 28, 2024.
  2. Comprehensive Noise Reduction in Single-Cell Data with the RECODE Platform. [link]
    Yusuke Imoto*.
    bioRxiv:20.1101/2024.04.18.590054, submitted April 18, 2024.
  3. scEGOT: Single-cell trajectory inference framework based on entropic Gaussian mixture optimal transport. [link]
    Toshiaki Yachimura, Hanbo Wang, Yusuke Imoto, Momoko Yoshida, Sohei Tasaki, Yoji Kojima, Yukihiro Yabuta, Mitinori Saitou, Yasuaki Hiraoka.
    bioRxiv:2023.09.11.557102, submitted September 11, 2023.

著書books

  1. 数理科学 2023年6月号 『高次元データの「かたち」を可視化する ～ トポロジカルデータ解析手法 Mapper の理論・応用 ～』
    サイエンス社，2023年5月．
  2. 計算力学の定石　第13章「粒子法のいま」．
    浅井光輝，井元佑介．
    公益社団法人土木学会 応用力学委員会 計算力学小委員会編，丸善出版，2020年3月 ．

産業財産権industrial property rights

  1. データ処理方法，データ処理装置およびデータ処理プログラム．
    井元佑介，中村友紀，平岡裕章，斎藤通紀．
    出願人：国立大学法人京都大学，特願2020-102852号・公開番号WO2021/56399（国内出願，2020年6月15日） / PCT/JP2021/022318（PCT出願，2021年6月11日）． [公開・TLO京都]

研究プロジェクトresearch projects

代表

  1. JST 創発的研究支援事業
    研究領域：川村パネル
    課題名：１細胞ダイナミクスの多層分解による細胞地図の構築 (課題番号: JPMJFR222X)
    研究期間：2024年3月–2032年3月
    総額：5,000万円 [link]
  2. 九州大学マス・フォア・インダストリ研究所 共同利用・共同研究拠点 若手・学生研究-短期共同研究
    課題名：超双対数に基づく高精度・高速微分計算理論の構築
    研究期間：2022年4月–2023年3月．
    総額：40万円 [link]
  3. JST さきがけ
    研究領域：数学と情報科学で解き明かす多様な対象の数理構造と活用
    課題名：多重解像度の細胞分化構造解析システムの確立 (課題番号: JPMJPR2021)
    研究期間：2020年11月–2024年3月
    総額：4,000万円 [link]
  4. 日本学術振興会 科学研究費補助金 若手研究(B) 
    課題名：流れ問題のための高精度粒子法の開発と数学的正当化（課題番号：17K17585）．
    研究期間：2017年4月–2021年3月．
    総額：442万円．[link]
  5. 学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点 公募型共同研究（JHPCN共同研究）
    課題名：粒子法の基盤理論整備と大規模流体シミュレータへの展開（課題番号：jh180060-NAH）．
    研究期間：2018年4月–2019年3月．
    HPC資源の提供．[link]
  6. 学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点 公募型共同研究（JHPCN共同研究）
    課題名：粒子法の高精度化と大規模流体シミュレータへの応用（課題番号： jh170051-NAH） ．
    研究期間： 2017年4月–2018年3月．
    HPC資源の提供．[link]

分担

  1. ムーンショット型研究開発事業（目標8）
    課題名：気象制御のための制御容易性・被害低減効果の定量化（研究代表者：小槻峻司）
    参加期間：2022年6月–現在
    総額：225万円 [ link ]

協力者

  1. JSPS 学術変革領域研究(A)
    課題名：データ記述科学の創出と諸分野への横断的展開, A02探索：数理探索班 [link]
    研究代表者：平岡 裕章
    参加期間：2022年6月–現在
  2. JST 未来
    課題名：未来医療を創出する4次元トポロジカルデータ解析数理共通基盤の開発 [link]
    研究代表者：坂上 貴之
    参加期間：2022年4月–現在
  3. JSPS 学術変革領域研究(B)
    課題名：霊長類発生学研究の基盤構築（研究代表者：中村 友紀）[link]
    参加期間：2020年11月–現在
  4. AMED-CREST
    課題名：ヒト新生児期、乳児期アレルギー発症に関与するTfh2反応メカニズムの解明 （研究代表者：上野英樹）
    参加期間：2019年10月–現在
  5. JST CREST
    課題名：ソフトマター記述言語の創造に向けた位相的データ解析理論の構築 [link]
    研究代表者：平岡裕章．
    参加期間：2019年4月–2022年3月
  6. 学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点 公募型共同研究（JHPCN共同研究）
    課題名：粒子法の基盤理論整備とマルチフィジックスシミュレータへの展開 [link]
    研究代表者：荻野正雄．
    参加期間：2019年4月–2020年3月
  7. 学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点 公募型共同研究（JHPCN共同研究） ．
    課題名：動的負荷分散によるGPUスパコンを用いた粒子法の大規模シミュレーション手法の開発III ー Debris Flow の衝撃による構造物の破壊 ー．[link]
    研究代表者：都築怜理．
    参加期間： 2016年4月–2017年3月
  8. 学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点 公募型共同研究（JHPCN共同研究） ．
    課題名：動的負荷分散によるGPUスパコンを用いた粒子法の大規模シミュレーション手法の開発II ー 流体・構造連成計算への適用 ー．[link]
    研究代表者：青木尊之．
    参加期間： 2015年4月–2016年3月
  9. JST CREST．
    課題名：ポストペタスケールシミュレーションのための階層分割型数値解法ライブラリ開発．[link]
    研究代表者：塩谷隆二．
    参加期間：2013年4月–2017年3月

賞与award

  1. 日本応用数理学会 論文賞（JSIAM Letters部門）．
    日本応用数理学会，2020年9月9日．[link]
  2. 2018年度日本数学会応用数学研究奨励賞．
    日本数学会，2019年3月18日．[link]
  3. 日本応用数理学会2018年研究部会連合発表会優秀講演賞．
    日本応用数理学会，2018年6月29日．[link]
  4. 九州大学学生表彰（学術研究活動）
    九州大学，2016年3月25日．[link]
  5. 平成27年度応用力学講演賞．
    土木学会応用力学委員会，2015年12月1日．[link]
  6. ベストCFDグラフィックス・アワード（都築怜理らと共同受賞）．
    日本流体力学会，2014年12月10日．[link]
  7. 日本応用数理学会2013年度年会最優秀ポスター賞．
    日本応用数理学会，2013年9月10日．[link]
  8. IMI所長賞．
    九州大学マスフォアインダストリ研究所，2012年10月10日．[link]

講演lecture

招待講演

  1. 高次元遺伝子発現ダイナミクスのランドスケープ解析
    第66回 システム制御情報学会 研究発表講演会，京都リサーチパーク，2022年5月19日．[link]
  2. シングルセルデータ科学への招待．
    日本数学会 2022年度年会 応用数学分科会 特別講演，2022年3月30日． [link]
  3. Resolution of the curse of dimensionality in single-cell analysis.
    2nd ASHBi SignAC Workshop: Integrating Single-cell Analysis and Mathematics, Kyoto University (オンライン), December 10, 2021. [link]
  4. Statistical Estimation of Gene Regulatory Network.
    JSPS Core-to-Core Program “Establishing International Research Network of Mathematical Oncology”, Engineering Science International Hall, Osaka University, October 27, 2020. [link]
  5. 超高次元位相的データ解析の最先端．
    数学と現象 in 清里，明治大学清里セミナーハウス，2020年2月3日 [link]
  6. 統計的因果推論 ー 基礎理論から生命科学への応用までー．
    数学と現象 in 山中湖，山中湖畔荘 ホテル清渓（山梨県），2019年9月11日．[link]
  7. Statistical causal discovery for gene regulatory network.
    1st ASHBi Mathematical Biology Workshop, Kyoto University (Japan), July 23, 2019. [link]
  8. 数理-諸分野融合研究の推進のために ー東北大学・知のフォーラムの活動および自身の研究活動からー．
    第23回 情報・統計科学シンポジウム，九州大学，2018年12月7日（特別講演）．
  9. Hyper-dual numbersを用いた数値微分の研究．
    研究集会「数学と現象 in 長瀞」，梁山泊ホール（埼玉県），2018年8月29日．
  10. 粒子法における不等式評価の現状と課題．
    数学と現象 in 清里，明治大学清里セミナーハウス，2018年2月．
  11. An error estimate of particle methods for Poisson equation with Neumann boundary conditions.
    International Conference on Mathematical Analysis of Continuum Mechanics, Okinawa (Japan), September 20, 2017.
  12. メッシュフリー法の数学解析．
    数学と現象 in 奥多摩，奥多摩福祉会館（東京都），2016年7月30日．
  13. Error estimates of a generalized particle method for partial differential equations.
    International Workshops on Advances in Computational Mechanics III (IWACOM III), KFC Hall & Rooms (Japan), October 2015.
  14. Poisson方程式に対する粒子型解法の誤差評価．
    応用数理学会 2014年度年会，政策研究大学院大学，2014年9月3日．

一般向け講演

  1. かたちを捉えるデータサイエンス
    先端数理科学シンポジウム，京都大学 国際科学イノベーション棟 シンポジウムホール，2023年3月27日 [link]
  2. データを読み解く力 -いま数学が必要とされるワケ-
    第33回JST数学キャラバン，2021年9月11日[link]

セミナー講演

  1. シングルセル生物学への数学的アプローチ．
    学術情報メディアセンターセミナー，2021年8月25日 [link]
  2. シングルセル遺伝子発現データに基づく遺伝子制御ネットワーク解析．
    第4回複雑系知能セミナー，オンライン，2021年1月14日 [link]
  3. 非圧縮性流れ問題に対する粒子法の数値解析学からのアプローチ．
    北海道大学 偏微分方程式セミナー，北海道大学，2017年12月．
  4. 粒子法によるCFDと誤差解析．
    数学連携セミナー，東北大学，2017年3月23日．
  5. Poisson方程式に対する一般化粒子法の誤差評価．
    東京大学数値解析セミナー，東京大学，2014年12月．
  6. Poisson方程式に対するある一般化粒子法の誤差評価．
    第318回 九州大学数値解析セミナー，九州大学，2014年11月．
  7. Poisson方程式に対する粒子法の誤差評価．
    第43回 応用数学連携フォーラム，東北大学，2014年10月．
  8. SPH法における補間作用素と近似差分作用素の打切り誤差解析．
    第307回 九州大学数値解析セミナー，九州大学，2013年2月．

講演（国際）

  1. Y Imoto, T Nakamura, Y Kojima, H Natsukawa, Y Hiraoka, M Saitou. Topological Trajectory Inference for Single-cell RNA Sequencing Data. Society for Mathematical Biology Annual Meeting 2021 (SMB2021), June 16, 2021. [link]
  2. Y Imoto, T Nakamura, Y Kojima, H Natsukawa, Y Hiraoka, M Saitou. Single-cell-differentiation inference based on a topological data analysis. SIAM Conference on Applications of Dynamical Systems (DS21), May 25, 2021. [link]
  3. Y Imoto. Mathematical analysis for biological data, ASHBi Young Researcher Meeting, Kyoto University, December 11, 2019. [link]
  4. Y Imoto, Y. Hiraoka. Introduction of Mathematical Estimate of Causal Network, 2nd ASHBi Colloquium, Kyoto University (Japan), July 23, 2019. [link]
  5. . Imoto and D. Tagami. An error estimate of particle methods for Poisson equation with Neumann boundary conditions. International Conference on Mathematical Analysis of Continuum Mechanics, Okinawa (Japan), September 21, 2017.
  6. Y. Imoto and D. Tagami. Error estimates of a generalized particle method for the Poisson equation with Neumann boundary conditions. A3 Workshop on Computational Fluid Dynamics and Numerical Analysis, Pusan (Koria), February 19-21, 2017.
  7. Y. Imoto. Recent study and possibility of applications of particle methods for interface problems. Workshop on interface motions and free boundary problems, Karuizawa (Japan), July 2016.
  8. Y. Imoto and D. Tagami. Some Investigations of Stability Conditions on a Generalized Particle Method for the Heat Equation. Second Joint Workshop of China-Japan-Korea A3 Foresight Program. Xiamen University (China). November 2015 (poster session).
  9. Y. Imoto and D. Tagami. Error estimates of a particle-based method for partial differential equations. the Fourth Conference on Particle-Based Method (PARTICLES2015), Technical University of Catalonia (Spain), September 2015.
  10. Y. Imoto and D. Tagami. Error estimates of a generalized particle-based method for partial differential equations. A3 joint Workshop, Peking University (China), February 2015.
  11. Y. Imoto and D. Tagami. Error estimates of SPH methods for Poisson equations. SIAM: East Asian Section Conference 2016 (EASIAM2014), Pattaya (Thailand), Jun 2014.
  12. Y. Imoto and D. Tagami. A Parallel Computation for Voronoi Diagram and its Applications to SPH methods. COMPSAFE 2014, Sendai international center (Japan), April 2014.
  13. Y. Imoto. Truncation Error Analysis of Approximation Operators on Particle Methods. FMI2013, Kyushu University (Japan), October 2014.
  14. Y. Imoto and D. Tagami. Truncation Error Analysis of SPH Method and its Applications to Numerical Simulations of Flow Problem. MEIS2013, Kyushu University (Japan), October 2014.
  15. D. Tagami and Y. Imoto. Truncation Error Analysis of Finite Difference Operators in SPH Method Based on Voronoi Decomposition. the Fourth Conference on Particle-Based Method (PARTICLES2013), Stuttgart University (Germany), September 2013.

講演（国内）

  1. 数学・生命科学融合研究による１細胞データの高品質化，数学と諸分野の連携に向けた若手数学者交流会（第4回）2023，ＡＰ市ヶ谷，2023年3月14日 [link]．
  2. Mapperを⽤いた⽣命科学データの位相的データ解析，Topology Meets Data，一橋講堂，2023年1月10日 [link]．
  3. １細胞データ科学の魅力と課題．2022年度応用数学合同研究集会，龍谷大学瀬田キャンパス，2022年12月17日 [link]．
  4. 高次元統計学に基づくscRNA-seqデータのノイズ削減法RECODEの紹介，Bio”Pack”athon 2022 #11, オンライン，2022年11月02日. [link]
  5. SPH法とMPS法の微分モデルの数学的なちがい ．第27回計算工学講演会，秋田市にぎわい交流館AU，2022年6月1日 [link]
  6. シングルセルシークエンスデータ解析の次元の呪いと数学的アプローチ．第1回ASHBi 数理ヒト生物学研究会，京都大学，2021年10月29日．[link]
  7. シングルセル生物学の数理的課題と挑戦：シングルセルデータ解析における数理基盤の確立に向けて．社会課題は数理科学で解決できる！？ -試みと課題-．2021年10月26日．[link]
  8. シングルセル生物学の数理的課題と展望．2021年日本バイオインフォマティクス学会年会 （オンライン開催），2021年9月27日． [link]
  9. 井元佑介，中村友紀，小島洋児，夏川浩明，平岡裕章，斎藤通紀．Mapperに基づく細胞分化の位相的流れ解析 ．日本応用数理学会 2021年度年会 （オンライン開催），2021年9月9日． [link]
  10. 井元佑介．超双対数に基づく離散勾配の表現．日本応用数理学会 2021年度年会 （オンライン開催），2021年9月7日． [link]
  11. 井元佑介．LiNGAMモデルに基づく遺伝子制御ネットワーク推定．2021年度日本計量生物学会・応用統計学会 チュートリアル「因果探索」，2021年5月14日． [link]
  12. 井元佑介，平岡裕章，中村友紀，小島洋児，斎藤通紀．トポロジカルデータ解析に基づくシングルセル遺伝子発現データの細胞分化構造解析．第43回日本分子生物学会年会 （オンライン開催），2020年12月2日． [link]
  13. 井元佑介，平岡裕章，吉脇理雄，Emerson G. Escolar，中村友紀，山本拓也，斎藤通紀．高次元統計解析に基づく遺伝子発現データのノイズ削減法．2020年度科研費シンポジウム「多様な分野のデータに対する統計科学・機械学習的アプローチ」（オンライン開催），2020年9月28日． [link]
  14. 井元佑介，平岡裕章，中村友紀，小島洋児，斎藤通紀．位相的データ解析に基づく遺伝子発現データの細胞分化構造解析，2020年度 日本数理生物学会年会（オンライン開催），2020年9月20日． [link]
  15. 井元佑介，平岡裕章，中村友紀，小島洋児，斎藤通紀．Mapperに基づく遺伝子発現データの細胞分化構造解析，日本応用数理学会 2020年度年会（オンライン開催），2020年9月9日． [link]
  16. 井元佑介．統計的因果探索に基づく遺伝子制御ネットワーク推定手法の確立．北陸応用数理研究会2020，石川県政記念しいのき迎賓館，2020年2月17日． [link]
  17. 井元佑介．Topological Data Analysis for High-Dimensional Data in Biology，情報系 WINTER FESTA Episode 5，一橋講堂，2019年12月26日．[link]
  18. 井元佑介，平岡裕章，清水昌平，前田高志ニコラス，小島洋児，斎藤通紀．統計的因果探索に基づく遺伝子制御ネットワークの推定．応用数学合同研究会，龍谷大学瀬田キャンパス，2019年12月14日．[link]
  19. 井元佑介，浅井光輝．非圧縮性Navier–Stokes方程式に対する粒子法における安定化項の考察．日本応用数理学会2019年度年会，東京大学駒場キャンパスI，2019年9月5日．
  20. 井元佑介，浅井光輝．安定化ISPH法の理論的解釈II –誤差評価に基づく安定化係数の最適化–．第65回理論応用力学講演会・第22回土木学会応用力学シンポジウム，北海道大学，2019年6月28日．
  21. 井元佑介，山中脩也，浦本武雄，藤川正毅，三目直登．Hyper Dual Numbersの行列表示を用いた微分計算手法の基礎理論整備．日本応用数理学会第15回研究部会連合発表会，筑波大学，2019年3月4日．
  22. 井元佑介．非圧縮性Navier–Stokes方程式に対する粒子法の安定性解析．2018年度応用数学合同研究集会，龍谷大学瀬田キャンパス，2018年12月14日（日本数学会応用数学研究奨励賞受賞） [link]．
  23. 井元佑介．粒子法を用いた非圧縮性流れシミュレーションの安定性解析．第８回計算力学シンポジウム，日本学術会議講堂（東京都），2018年12月12日．
  24. 井元佑介．ISPH法の安定性解析．日本機械学会 第31回計算力学講演会（CMD2018），徳島大学 常三島キャンパス，2018年11月24日．
  25. 井元佑介．非圧縮性流れ問題に対するSPH 法の安定性解析．応用数学フレッシュマンセミナー 2018，京都大学 吉田キャンパス，2018年11月13日．
  26. 井元佑介．Hele–Shaw流れ問題に対する粒子法シミュレーションの試み．界面現象の数理・モデリング研究合宿2018，いするの家（長野県），2018年9月19日．
  27. 井元佑介．ポアソン方程式に対するSPH法の改善．第23回計算工学講演会，ウインクあいち（愛知県），2018年6月8日．
  28. 井元佑介，浅井光輝．安定化ISPH法の理論的解釈 –エネルギー最小化問題からの安定化項の導出–．第21回応用力学シンポジウム，名城大学天白キャンパス（愛知県），2018年5月19日．
  29. 井元佑介．Poisson方程式に対する粒子法の離散$H^1_0$ノルムによる安定性．日本応用数理学会 第14回 研究部会連合発表会，大阪大学工学部，2018年3月15日（優秀講演賞受賞）．
  30. 井元佑介，田上大助．非圧縮粘性流れ問題に対するある一般化粒子法の数値的収束性．第31回数値流体力学シンポジウム，京都工芸繊維大学，2017年12月．
  31. 井元佑介，三目直登．非斉次Neumann境界条件を含むPoisson方程式に対する粒子法の誤差評価とその応用．第29回 計算力学講演会，名古屋大学，2016年9月．
  32. 井元佑介．計算工学における数学解析．若手研究者の集い，山梨大学，2016年3月．
  33. 井元佑介，田上大助．偏微分方程式に対する一般化粒子法の誤差評価．現象解明に向けた数値解析学の新展開，京都大学，2015年11月．
  34. 井元佑介，田上大助．熱方程式に対する時間陰的な粒子法の誤差評価．日本数学会2015度秋季総合分科会，京都産業大学，2015年9月.
  35. 井元佑介，田上大助．粒子法で用いるある補間作用素のL^pノルムによる打ち切り誤差評価．応用数理学会 2015年度年会，金沢大学，2015年9月.
  36. 井元佑介，田上大助．熱方程式に対するある一般化粒子法の誤差評価．第20回 計算工学講演会，つくば国際会議場，2015年6月.
  37. 井元佑介，田上大助．一般化粒子法における近似Laplace 作用素の改良．第18回応用力学シンポジウム，金沢大学，2015年6月（応用力学講演賞受賞）．
  38. 井元佑介，田上大助．熱方程式に対するある粒子法の誤差評価．日本応用数理学会2015 年研究部会連合発表会，明治大学，2015年3月．
  39. 井元佑介，田上大助．Poisson方程式に対するある粒子法の誤差評価．2014年度 応用数学合同研究集会，龍谷大学，2014年12月．
  40. 井元佑介，田上大助．ある一般化粒子法に用いる近似作用素の打ち切り誤差解析とその応用．第27回 計算力学講演会，岩手大学，2014年11月．
  41. 井元佑介，田上大助．Poisson方程式に対するある粒子型解法の誤差解析とその応用．自由表面や気液界面を含む流れの数値解析，リファレンス博多駅東ビル，2014年9月．
  42. 井元佑介，田上大助．粒子法における高次近似ラプラス作用素と非定常熱方程式への応用．第19回計算工学講演会，広島国際会議場，2014年6月.
  43. 井元佑介，田上大助．流れ関数と渦度を未知関数に用いたSPH 法による高Reynolds数キャビティ流れの数値計算．第17回応用力学シンポジウム，琉球大学，2014年5月.
  44. 井元佑介．SPH法とMPS法に用いられる近似作用素の統一的理解．超大規模数値計算と数値解析に関する新潟ワークショップ，新潟市万代市民会館，2014年3月．
  45. 井元佑介．粒子法の近似差分作用素に対する 打ち切り誤差解析とその応用．第130回日本数学会九州支部例会，琉球大学，2014年2月．
  46. 井元佑介，田上大助．粒子法における高次近似ラプラス作用素，第27回数値流体力学シンポジウム，名古屋大学，2013年12月．
  47. 井元佑介，田上大助．SPH法とMPS法に用いる近似作用素の打ち切り誤差解析について．日本数学会2013度秋季総合分科会，愛媛大学，2013年9月．
  48. 井元佑介，田上大助．粒子法の近似作用素に対する打ち切り誤差解析．日本応用数理学会 2013年度年会，アクロス福岡，2013年9月（ポスター発表，最優秀ポスター賞受賞）．
  49. 井元佑介，粒子法の打切り誤差解析に対する正則配置について．有限体積法の数学的基盤理論の確立III，愛媛大学，2013年8月．
  50. 井元佑介，田上大助．Voronoi分割に基づくSPH法の近似差分作用素の打ち切り誤差解析．第18回 計算工学講演会，東京大学，2013年6月．
  51. 井元佑介，田上大助．SPH法に基づくある差分作用素の打切り誤差解析．2012年度 応用合同研究集会，龍谷大学，2012年12月．
  52. 井元佑介．SPH法における勾配作用素の打切り誤差解析．第17回 情報・統計科学シンポジウム，九州大学，2012年12月．

共同研究者による講演

国際

  1. T Fujii, M Asai, Y Imoto, Fluid-solid multiphase analysis using a selective dual velocity ISPH method dividing into physical and transport velocity, 3rd COMPSAFE, December 2020. [link]
  2. M Ogino, H. Hasegawa, Y. Imoto. Initial particle placement based on the centroidal Voronoi tessellation for two-dimensional flow simulation by the particle method, The 10th International Conference on Computational Methods (ICCM), Marina Bay Sands Expo & Convention Centre (Singapore), July 11, 2019.
  3. T. Nakamura, I. Okamoto, M. Yoshiwaki, E.G. Escolar, Y. Imoto, Y. Hiraoka, M. Saitou. Topological clustering of scRNA-seq data during cynomolgus monkey peri-implantation development. 2019 Germ Cell Programming in Vertebrate Biology, Medicine and Biotechnology, Courtyard by Marriott Hong Kong Sha Tin (Hong Kong), May 19-24, 2019 (Poster Session)
  4. N. Yamanaka, Y. Imoto, T. Uramoto, M. Fujikawa, N. Mitsume. Verified Algorithm for High Order Differentiation Based on Hyper-dual Numbers. 2019 SIAM Conference on Computational Science and Engineering, Washington (USA), February 25, 2019.
  5. D. Tagami and Y. Imoto. Numerical error evaluations of the incompressible Navier–Stokes equations by a time-explicit generalized particle method. 13th International SPHERIC SPH Workshop, Galway (Ireland)), June 2018.
  6. D. Tagami and Y. Imoto. Some investigations of a time-explicit generalized particle method for the incompressible Navier–Stokes equations. ECCM–ECFD2018, Glasgow (UK), June 2018.
  7. N. Mitsume, T. Tomiczek, Y. Imoto, A. S. Donahue, J. J. Westerink, T. Yamada, S. Yoshimura. Numerical analysis of tsunami open flume experiment using parallel solver of 2D-3D coupled wave model. The 2nd International Conference on Computational Engineering and Science for Safety and Environmental Problems (COMPSAFE 2017), China, October 2017.
  8. D. Tagami and Y. Imoto. Error estimates of a characteristic particle method for convection-diffusion equations. A3 Workshop on Computational Fluid Dynamics and Numerical Analysis, Pusan (Koria), February 19-21, 2017.
  9. D. Tagami and Y. Imoto. Mathematical Analysis of Generalized Particle Methods for Poisson equations and heat equations. the 11 International SPHERIC Workshop (SPHERIC2016), The Faculty Club (Germany), June 2016.
  10. D. Tagami and Y. Imoto. Some Investigations of a Generalized Particle Method for Convection-Diffusion Equations. European Congress on Computational Methods in Applied Sciences and Engineering Congress 2016 (ECCOMAS Congress 2016), Creta Maris Conference Centre (Greece), June 2016.
  11. D. Tagami and Y. Imoto. Regularity and Connectivity Conditions of a Generalized Particle-Based Method for Partial Differential Equations, 13th US National Congress on Computational Mechanics (USNCCN13), San Diego (USA), July 2015.

国内

  1. S Fujioka, M Fujioka, Y Imoto, T Yachimura, H Yoshitomi, Y Hiraoka, H Ueno. Human GC-Tfh cells differentiate into IL-10+ follicular T cells with regulatory functions，第51回日本免疫学会学術集会，熊本城ホール，2022年12月8日 [link]
  2. Y Katou, K Mizuta, Y Imoto, M Nagano, T Nakamura, Y Yabuta, H Ohta, M Saitou, Cross-species analysis of denoised single-cell transcriptomic data unravels primate-specific and conserved programs during fetal oocyte development, 第45回日本分子生物学会年会，幕張メッセ，2022年12月1日 [link]
  3. 山口玲欧奈，井元佑介，伊佐正，機能回復を促す広汎脱抑制に関わる興奮性および抑制性ネットワークの働き，第 16 回 Motor Control 研究会、早稲田大学，2022年8⽉27日．
  4. 平岡裕章，井元佑介，中村友紀，斎藤通紀．ASHBiにおける生物–数学融合研究．第43回日本分子生物学会年会 （オンライン開催），2020年12月2日． [link]
  5. 藤井孟大, 浅井光輝, 井元佑介．物理速度と輸送速度を区別した選択型デュアル流速 ISPH 法を用いた混相流解析，第23回土木学会応用力学シンポジウム（オンライン開催），2020年5月16日．
  6. 杉谷宜紀，井元佑介，宇田 智紀，坂本祥太，西口純矢．遅延微分方程式の履歴方向に対するガレルキン法の誤差評価に向けて．日本応用数理学会第15回研究部会連合発表会，筑波大学，2019年3月4日．
  7. 三目直登，Tomiczek Tori，井元佑介， Westerink Joannes J，山田知典，吉村忍．2D-3D片方向連成波モデルによる津波再現水槽実験の並列解析．第30回 計算力学講演会，近畿大学，2017年9月．
  8. 都築怜理，青木尊之，井元佑介，田上大助．GPUスパコンにおける動的負荷分散を用いた粒子法による大規模流体シミュレーション ．数値流体力学シンポジウム，タワーホール船堀（東京），2014年12月10日．