RNA-seq解析
概要
total RNAをご提出いただき、ライブラリーをBiomek i7自動分注ワークステーションを利用して調製したのちにシーケンスを行い、fastqデータを納品するサービスです。
NEB社の以下のキットを使用して、ライブラリー調製を行っています。
- NEBNext Poly(A) mRNA Magnetic Isolation Module[E7490]
- NEBNext Ultra II Directional RNA Library Prep Kit [E7760]
- NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (96 Unique Dual Index Primer Pairs) [E6440]
提出サンプル要件
total RNA
- ボリューム：最低8 µl
- 総量：最低300 ng
- 濃度：10-150 ng/µl、推奨50-100 ng/µl
- RNA精製過程でDNase 処理することをお勧めしております。（必須ではありません）
- RNAの濃度は各自測定してください。（Qubit、NanoDrop等）
- 本サービスではライブラリー調製前のRNA integrityの測定は実施しません。なお、使用するライブラリー調製キットではRIN値7以上であることが推奨されています。各自Agilent Bioanalyzer等でこれを確認することを推奨します。もしくは、SignACのRNA QCのサービスをご利用いただくこともできます。(RNAの不具合で生じた問題は各自の自己責任とさせていただきます）
- Redmineにサンプル名（チューブに書いてある情報）、濃度を記入したエクセル等のファイルを提出してください。サンプル名には通し番号をつけてください。
- 原則として1.5 mlチューブで提出してください。チューブには名前とredmine（SignAC依頼システム）で発行されるチケット番号、サンプルNo.（サンプルが複数ある場合）を記入してください。
- 8 サンプル以上の場合は 8 連チューブ、 24 サンプル以上は 96 well プレートでも可
- 原則として各自記載の濃度をもとにライブラリー調製に進みます。
納品物
fastqファイル
- paired-end 50 bp以上、1500万リード以上を目安としています。
- アダプタートリミングは行っていません。
- 簡単な一次解析(mappingなど)もご相談ください。
納期
お問い合わせください。
参考
サンプルを受け取ってから1か月程度（2022年度実績）