PacBio 全ゲノム配列解析
解析概要
ゲノムDNAもしくはメタゲノムサンプルを提出いただき、PacBio社のSMRTbell prep kit 3.0を用いてライブラリーを調製し、Sequel IIeまたはRevioシステムでHiFiリードを生成するサービスです。
- 内規上の名称：
全ゲノム配列解析（全ゲノムライブラリーの調製とシーケンス解析）
全ゲノム配列解析（全ゲノムライブラリの調製のみ）
サンプル要件
7 μgのゲノムDNA
- サンプル量が少ない場合はご相談ください。
- ＞ 50 kb (70% ≧ 10 kb (GQN10kb ≧ 7.0) & 50% ≧ 30 kb (GQN30kb ≧ 5.0 ))のHMW DNAを推奨
- FemtoPulseでのQCを事前に実施することをお勧めします。（SignACでもFemtoPulse受託解析を承っています）
- ゲノムDNAにダメージが多い場合、十分なデータが得られないことがあります。
- サンプルは原則として1.5 mlチューブに入れてください。
DNA Low bind tubeを推奨しています。
- 1.5 mlチューブには名前とredmine（SignAC依頼システム）で発行されるチケット番号、サンプルNo.（サンプルが複数ある場合）を記入してください
納品物
hifi_reads.bamファイル
- Output：～30 Gbase (Sequel IIe) / ～90 Gbase (Revio)
データ量の保証はできません。
- シーケンス部分は、1セル単位の解析サービスになります。「ライブラリー調製のみ」を追加して、１セルの中で複数ライブラリーをマルチプレックス解析することも可能です。
- 5mC detectionもご相談ください。
納期
お問い合わせください。
参考
キットの在庫がある場合は1～3週間程度、ない場合は3～4週間程度（2022年度実績）