PacBio トランスクリプトーム解析（Kinnex single-cell RNA）
解析概要
10x Chromium Single Cell 3’キットまたは5’キットで調製したcDNAサンプルを提出いただき、PacBio社のKinnex single-cell RNA kitを用いて、MAS-Seq連結法による 16連結全長cDNAライブラリーを調製し、Revioシステムでシーケンス解析を実施するサービスです。納品データは連結アダプター配列部分でsegmentationされたHiFiリードになります。
- 内規上の名称：
Kinnex-scRNAライブラリーの調製とシーケンス解析
Kinnex-scRNAライブラリーの調製のみ
サンプル要件
50 ng以上の10x cDNA（3’または5’）
- サンプル量が少ない場合はご相談ください。
- 平均セグメント長：500–1,100bpを推奨
- サンプルは原則として1.5 mlチューブに入れてください。
DNA Low bind tubeを推奨しています。
- 1.5 mlチューブには名前とredmine（SignAC依頼システム）で発行されるチケット番号、サンプルNo.（サンプルが複数ある場合）を記入してください
納品物
segmented.bamファイル
- Output：segmentation後、〜3000万リード/9000万リード
データ量の保証はできません。
- シーケンス部分は、1セル単位 の解析サービス になります。「ライブラリー調製のみ」を追加して、１セルの中で複数ライブラリーをマルチプレックス解析することも可能です
- 簡単な一次解析（mappingなど）もご相談ください。対応が可能な場合があります。
納期
お問い合わせください。
参考
キットの在庫がある場合は1～3週間程度、ない場合は3～4週間程度（2022年度実績）