ONT Rapid キットDNA解析
解析概要
サンプルDNA（ゲノムDNA、アンプリコンなど）を提出いただき、Oxford Nanopore Technologies社Rapid Sequencing Kit V14 （SQK-RAD114）を用いてライブラリーを調製し、R10.4.1フローセルに1回ロードしてシーケンスを実施し、シーケンスデータを納品するサービスです。
精製ステップが省略されているため、インプットDNA量を少なくすることができます。
- 内規上の名称：
Rapid Sequencing kitとPromethION 24によるDNAシーケンス解析
Rapid Sequencing kitによるDNAライブラリ調製
サンプル要件
300 ng以上のDNA
- サンプル量が少ない場合はご相談ください。
- Nanodropで、OD 260/280 >1.8 & OD 260/230 >2.0–2.2のgDNAを推奨
- サンプルは原則として1.5 mlチューブに入れてください。
DNA Low bind tubeを推奨しています。
- 1.5 mlチューブには名前とredmine（SignAC依頼システム）で発行されるチケット番号、サンプルNo.（サンプルが複数ある場合）を記入してください
納品物
POD5/fastqファイル
- Output：25～100 Gbase
データ量の保証はできません。
- シーケンス部分は、1フローセル単位の解析サービスになります。「ライブラリー調製のみ」を追加して、１フローセルの中で複数ライブラリーをマルチプレックス解析することも可能です。
- 原則として、fastqファイルは、最新版MinKnowデフォルトのBasecallerでbasecall (High accuracy mode) して生成します。
- 5mC detectionもご相談ください。
- 簡単な一次解析（mappingなど）もご相談ください。対応できる場合があります。
納期
お問い合わせください。
参考
キットの在庫がある場合は1～3週間程度、ない場合は3～4週間程度