ONT LigationキットDNA解析
解析概要
サンプルDNA（ゲノムDNA、アンプリコンなど）を提出いただき、Oxford Nanopore Technologies社Ligation Sequencing Kit V14 （SQK-LSK114）を用いてライブラリーを調製し、R10.4.1フローセルに1回ロードしてシーケンスを実施し、シーケンスデータを納品するサービスです。フローセルwashとライブラリーリロードをご希望の場合は、「ONT フローセル洗浄とライブラリ再ロード」のサービスを追加してください（ご希望されていても、調製されたライブラリーが十分量なく、実施できない場合もございます）。
duplexモードでのbasecall解析もご相談ください。
- 内規上の名称：
SQK-LSK114とPromethION24による断片化DNAのシーケンス解析
SQK-LSK114による断片化DNAのライブラリ調製
サンプル要件
2 μg（または200-300 fmol）以上のDNA
- サンプル量が少ない場合はご相談ください。
- Nanodropで、OD 260/280 ＞ 1.8 & OD 260/230 ＞ 2.0–2.2のgDNAを推奨
- サンプルは原則として1.5 mlチューブに入れてください。
DNA Low bind tubeを推奨しています。
- 1.5 mlチューブには名前とredmine（SignAC依頼システム）で発行されるチケット番号、サンプルNo.（サンプルが複数ある場合）を記入してください
納品物
POD5/fastqファイルを納品します。
- Output：25～100 Gbase
データ量の保証はできません。
- シーケンス部分は、1フローセル単位の解析サービスになります。「ライブラリー調製のみ」を追加して、１フローセルの中で複数ライブラリーをマルチプレックス解析することも可能です。
- 原則として、fastqファイルは、最新版MinKnowデフォルトのBasecallerでbasecall (High accuracy mode) して生成します。
- 5mC detectionもご相談ください。
- 簡単な一次解析（mappingなど）もご相談ください。対応できる場合があります。
納期
お問い合わせください。
参考
キットの在庫がある場合は1～3週間程度、ない場合は3～4週間程度