全ゲノムメチル化解析（EM-seq）
概要
ゲノムDNAをご提出いただき、NEB社のNEBNext® Enzymatic Methyl-seq Kit（E7120）を使用してライブラリを調製したのちにシーケンスを行い、fastqデータを納品するサービスです。
DNAのメチル化状態を1塩基レベルで解析します。
- 内規上の名称：
New England Biolab社EM-seqキットとイルミナ社NovaSeqによるゲノムDNAメチル化解析
提出サンプル要件
ゲノムDNA
- ボリューム：最低8 µl
- 総量：最低150 ng以上（推奨450 ng～）
- 濃度：5 ng/µl以上
- Qubitで測定をお願いします。
- 夾雑物が多い場合、うまくライブラリ調製ができない場合があります。
- ゲノムDNAの長さによって断片化条件が異なる場合があります。長鎖DNA QCのサービスも併せてご検討ください。
- Redmineにサンプル名（チューブに書いてある情報）、濃度を記入したエクセル等のファイルを提出してください。サンプル名には通し番号をつけてください。
- 原則として1.5 mlチューブで提出してください。チューブには名前とredmine（SignAC依頼システム）で発行されるチケット番号、サンプルNo.（サンプルが複数ある場合）を記入してください。
- 8 サンプル以上の場合は 8 連チューブ、 24 サンプル以上は 96 well プレートでも可
- 原則として各自記載の濃度をもとにライブラリー調製に進みます。
納品物
fastqファイル
paired-end 150bp、2.5億リード保証、3億リード以上を目安としています。
アダプタートリミングは行っていません。
納期
お問い合わせください。
参考
サンプルを受け取ってから2か月程度