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シングルセルFixed RNA遺伝子発現解析（10x Flex）

概要

固定化細胞・核をご提出いただき、Chromium Xを用いてシングルセルNGSライブラリー調製したのちにシーケンスを行い、fastqデータを納品するサービスです。シングルプレックスのみ対応可能です。

10x Genomics社の以下のキットを使用して、ライブラリー調製を行っています。
・Chromium Fixed RNA Kit, Human Transcriptome, 4 rxns x 1 BC [PN-1000474]または
Chromium Fixed RNA Kit, Mouse Transcriptome, 4 rxns x 1 BC [PN-1000495]
・Chromium Next GEM Chip Q Single Cell Kit, 16 rxns [PN-1000422]
・Dual Index Kit TS Set A, 96 rxns [PN-1000251]
※ Chromium Next GEM Single Cell Fixed RNA Sample Preparation Kit, 16 rxns [PN-1000414]は各自でご準備下さい。
※ GEM-X Flex KitまたはGEM-X Flex v2 Kitでも対応可能な場合があります。お問い合わせください。

  • 内規上の名称：
    Fixed RNA Kitによるシングルセル遺伝子発現解析

提出サンプル要件

  • 生物種：ヒトまたはマウス

サンプルにEnhancer（Single Cell Fixed RNA Sample Preparation Kitに含まれる）と50% glycerolを加えて-80℃凍結保存させた状態でご提出ください(キットは各自でご準備ください)。

Sample TypeRecommended #
Fixed cells200,000-2 x 106
Fixed nuclei400,000-2 x 106
FFPE dissociated suspension400,000-2 x 106

サンプルの固定・分散・凍結保存については10x GenomicsのChromium Next GEM Single Cell Fixed RNA Sample Preparation kit(No.1000414)を使用してください。プロトコルは以下リンクをご参照ください。

細胞・核の固定
組織の固定・分散
FFPEからの核の分離

※ Chromium Next GEM Fixed RNA Kitではなく、GEM-X Flex KitまたはGEM-X Flex v2 Kitを使用される場合は、GEM-X Flex Sample Preparation v2 Kit（No.1000781）を使用する必要があります。

  • Redmineにサンプル名（チューブに書いてある情報）、細胞数を記入したエクセル等のファイルを提出してください。サンプル名には通し番号をつけてください。
サンプルリストのエクセル例
  • 原則として1.5 mlチューブで提出してください。チューブには名前とredmine（SignAC依頼システム）で発行されるチケット番号、サンプルNo.（サンプルが複数ある場合）を記入してください。

納品物

fastqファイル
  • 1サンプルあたり2億リード保証、3億リード以上を目安としています。
  • 追加シーケンスが必要な場合は、データをお返しした後ご検討いただいて、SignACの受託サービス（キット買い切り）をご利用いただくことも可能です。
  • 簡単な一次解析（cellrangerによるmappingおよび遺伝子・細胞アノテーション）もご相談ください。
  • 原則としてSignACで調製したライブラリーは返却しません。

納期

お問い合わせください。

参考

サンプルを受け取ってから6週間程度

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