受託解析サービス

HOME受託解析サービスシングルセルFixed RNA遺伝子発現解析（10x Flex）

ショートリード解析 トランスクリプトーム解析 シングルセル解析
シングルセルFixed RNA遺伝子発現解析（10x Flex）

概要


固定済細胞・核をご提出いただき、10x Genomics社製Chromium XとFlexキットを用いてシングルセルNGSライブラリー調製したのちにシーケンスを行い、fastqデータを納品するサービスです。

  • 内規上の名称：
    Fixed RNA Kitによるシングルセル遺伝子発現解析

提出サンプル要件

  • 生物種：ヒトまたはマウス

サンプルをQuenching Bufferで懸濁し、10%容量のEnhancerを添加、さらに50% glycerolをglycerolの終濃度が10%となるように加えて-80℃凍結保存させた状態でご提出ください。
（Quenching BufferとEnhancerはSingle Cell Fixed RNA Sample Preparation Kitに含まれます）

Sample TypeRecommended #
Fixed cells200,000-2 x 106
Fixed nuclei400,000-2 x 106
FFPE dissociated suspension400,000-2 x 106

サンプルの固定・分散・凍結保存については10x GenomicsのChromium Next GEM Single Cell Fixed RNA Sample Preparation kit(No.1000414)を使用してください。プロトコルは以下リンクをご参照ください。

細胞・核の固定
組織の固定・分散
FFPEからの核の分離
  • Redmineにサンプル名（チューブに書いてある情報）、細胞数を記入したエクセル等のファイルを提出してください。サンプル名には通し番号をつけてください。
サンプルリストのエクセル例
  • 原則として1.5 mlチューブで提出してください。チューブには名前とredmine（SignAC依頼システム）で発行されるチケット番号、サンプルNo.（サンプルが複数ある場合）を記入してください。

納品物

fastqファイル
  • 1サンプルあたり2億リード保証、3億リード以上を目安としています。
  • 追加シーケンスが必要な場合は、データをお返しした後ご検討いただいて、SignACの受託サービス（キット買い切り）をご利用いただくことも可能です。
  • 簡単な一次解析（cellrangerによるmappingおよび遺伝子・細胞アノテーション）もご相談ください。
  • 原則としてSignACで調製したライブラリーは返却しません。

納期

お問い合わせください。

参考

サンプルを受け取ってから6週間程度

関連サービス

NovaSeq6000
RNA-seq