ノイズの海から真実の細胞の声をすくい上げる
細胞の世界は、驚くほどに騒がしい。
たった1つの細胞が語る遺伝子の声は、検出のばらつきやバッチ間のゆらぎにかき消され、まるで深い海のノイズに埋もれてしまう。研究者はこれまで、その海の底に沈んだ「本当の信号」を拾い上げるために、さまざまな計算手法を探ってきた。
京都大学高等研究院ヒト生物学高等研究拠点（WPI-ASHBi）井元佑介特定准教授は、この静かで果てしない挑戦に対し、高次元統計解析を応用した新たな答えを提示した。
彼が開発したiRECODEは、シングルセルRNAシーケンスや空間トランスクリプトーム、さらにはscHi-Cといった多様なデータに潜むノイズを、そっと取り除く。技術ノイズも、バッチのゆらぎも、同時に――。
まるで濁った海の水を透明に澄ませるように、iRECODEは細胞が本当に語る声を浮かび上がらせる。
この手法を用いることで、これまで埋もれていた希少な細胞集団や、老化過程や疾患の初期段階に現れるごくかすかな変化が、はっきりと見えてくる。
シングルセル解析は、いよいよ本当の意味で「1細胞が語る物語」を描き出そうとしている。
本成果は、2025年9月17日午前11時（米国東部時間、日本時間18日午前０時）に国際学術誌「Cell Reports Methods」にオンラインで掲載されました。
用語解説
- 技術ノイズ：シングルセルデータの計測において、ライブラリ調整やシーケンシング時に本来存在するゲノム・エピゲノム分子の一部が計測されないこと（ドロップアウト）によって起こる真の情報と観測情報の誤差。
- バッチノイズ：培養環境や計測機器の違いによって起こる環境誤差。
- 高次元統計解析：シングルセルデータのような高次元データにおける統計的性質を数学的に解析する分野。
- RECODE：Resolution of the curse of dimensionality（次元の呪いの解決）。高次元統計解析を応用したシングルセルデータのノイズ削減手法。
研究者のコメント
シングルセルデータには、無数の細胞の“つぶやき”が記録されています。でも、ノイズにかき消されたその声を聞き取るのは、とても難しい。RECODEの進化版であるiRECODEは、その声を静かにすくい上げてくれる道具です。この手法によって、これまで見えなかった細胞たちの物語が、きっと次々と明らかになるでしょう。（井元佑介 特定准教授）
書誌情報
Imoto, Y. (2025). Comprehensive Noise Reduction in Single-Cell Data with the RECODE Platform. Cell Reports Methods.https://doi.org/10.1016/j.crmeth.2025.101178